国自然评审结束!跟着七大生信热点做研究,有人想提前一年抢跑了...
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夏天对于研0或者在读的同学们来说,或许是一个能获得暂时休息的时间段;而需要申请科学基金的朋友们,要考虑的就多了。或者在准备答辩,等待结果,或者磨拳擦掌,准备根据新的放榜结果写出详尽规范的标书,在新一年快人一步。
暂时没有写标书需求的朋友们也先不要着急离开:正如雪球老师所说,国自然热点内容,是国内最擅长科研、科研能力最强的一批人都在做的研究,其中蕴含的研究价值、研究潜力不言自明。跟着热点发文章,是无可非议的。锦鲤特意为大家整理了七个生信研究热点,可以找雪球老师,回复“生信最新热点”获取更详细的信息。也建议大家点一下星标,以防错过后续最新的文献分享或套路分析!
改版后,未星标消息就很难收到了,小心错过新闻!
热点目录
01. 巨噬细胞
02. 中性粒细胞外诱捕网(NETs)
03. 瘤内菌群
04. 共病
05. 双硫死亡
06. m7G修饰
07. 血管生成拟态
01.巨噬细胞
巨噬细胞拥有两种亚型(促炎作用,M1;抗炎作用,M2),它的代谢与功能的变化对多种疾病或者肿瘤的发生或治疗有着不可或缺的影响。同时,它常常能与免疫调控组合进行复合研究,近年来涌现不少高分佳作。可以看出,这两种热点占据了2023年中标数的前二位置,想研究相关课题的朋友们也要抓紧调研了!以防在创新性等方面不过关,直接被拒。
在挑圈联靠往期内容中,就有介绍过一种关键的抑制性巨噬细胞亚型,与EGFR扩增存在显著关联,为胶质瘤的基因组变异与免疫微环境之间架起了一座桥梁。
Revealing the role of SPP1+ macrophages in glioma prognosis and therapeutic targeting by investigating tumor-associated macrophage landscape in grade 2 and 3 gliomas
通过研究 2 级和 3 级胶质瘤中肿瘤相关巨噬细胞的分布,揭示 SPP1+ 巨噬细胞在胶质瘤预后和靶向治疗中的作用
期刊:Cell & Bioscience
IF:6.1(2023)
另一篇今年四月发布在Nature上的文章,从神经免疫互作出发,围绕巨噬细胞这一热点,通过干湿结合实验明确了CGRP在促进组织修复中的机制。虽然以湿实验为主,采用的都是RNA测序、流式细胞术等常规的实验室技术,小鼠模型成本也相对较低,容易学习与复现。从这样高水平的文章中汲取技术和思路,申基金是更有底气了!
CGRP sensory neurons promote tissue healing via neutrophils and macrophages
痛觉神经元分泌CGRP调控巨噬细胞和中性粒细胞促伤口愈合
期刊:Nature
IF:50.5(2023)
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02.中性粒细胞外诱捕网(NETs)
中性粒细胞外诱捕网(NETs)由活化的中性粒细胞分泌(该过程被称为NETosis),是由DNA、组蛋白和抗菌蛋白组成的网状结构,是一种重要的先天性免疫的胞外防御机制。
值得注意的是,20-23年关于NETs的国自然立项数翻了一番,而资助资金增加到超过四倍,总数接近2500万。这样状态火热的国自然热点,挑圈联靠自然没有放过,可以点击下划线文字跳转到往期推送,查阅相关高分文献的详细内容。
Risk loci involved in giant cell arteritis susceptibility: a genome-wide association study
巨细胞动脉炎易感性的风险基因位点:全基因组关联研究
期刊:The Lancet Rheumatology
IF:15.0(2023)
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03.瘤内菌群
自从2020年Science首次揭示瘤内菌群存在,肿瘤相关微生物研究可谓又开蓝海。抓紧入局,稳稳拿捏“创新性好”!
今年年初,来自武汉协和医院的团队在Signal Transduction and Targeted Therapy(2023影响因子:40.8)上发表了一篇瘤内菌群与癌症发展和治疗的综述。作者总结,瘤内菌群具有粘膜屏障、临近组织及血源性侵袭三种可能来源,通过诱导基因组不稳定性和突变、影响表观遗传修饰、促炎、规避免疫破坏、调节代谢及激活侵袭和转移等途径,促进肿瘤的发生和发展。它有望成为预后标志物,分析手段可从常规菌群分析入手,并且,还和近几年的大热点“肿瘤微环境”,“免疫治疗”配合良好,是研究肿瘤的朋友们非常值得考虑的方向。
复旦大学附属中山医院发表的这篇研究,则为想跟随这个热点的研究者展示了标准的分析流程、提点了分析结果去噪的实验方法(应用Decontam去除操作环境中的污染细菌等),有这样缜密的研究在前,相信大家也能设计出优秀的课题!
Intratumoural microbiota: a new frontier in cancer development and therapy
肿瘤内微生物群:癌症发展和治疗的新领域
期刊:Signal Transduction and Targeted Therapy
IF:40.8(2023)
Intratumor microbiome features reveal antitumor potentials of intrahepatic cholangiocarcinoma
肿瘤内微生物组特征揭示了肝内胆管癌的抗肿瘤潜力
期刊:Gut Microbes
IF:12.2(2023)
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04.共病
共病(Comorbidity)指的是一名患者身上非随机同时出现的两种或以上疾病。共病通常是环境和遗传的共同作用结果,机制非常复杂。共病研究会对人群中同时患有多种不同疾病的情况进行研究,并探寻这些不同疾病之间的关联与影响。
有关共病的研究思路,有一个套路大家肯定最熟悉:孟德尔随机化(MR)。说到评估共病之间的因果关系,探索共病现象的发生机制和关联性,就是要用到MR方法了。这方面典型的高分文章,挑圈联靠也有发过拆解。
Poor sleep and shift work associate with increased blood pressure and inflammation in UK Biobank participants
英国生物数据库参与者的睡眠质量差和轮班工作与血压升高和炎症有关
期刊:Nature Communications
IF:14.7(2023)
介绍的另一篇共病相关研究,来自复旦大学计算神经科学与类脑智能教育部重点实验室。也使用了UK Biobank的病历数据,发布在Genome Medicine期刊(影响因子10.4,2023),得到了国自然等基金支持。
A global overview of genetically interpretable multimorbidities among common diseases in the UK Biobank
英国生物数据库中常见疾病中可通过基因解释的多病症全球概览
期刊:Genome Medicine
IF:10.4(2023)
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05.双硫死亡
对研究铁死亡、铜死亡感到厌倦?双硫死亡等待着你的挖掘!它指的是溶质载体家族7成员11(SLC7A11)蛋白高表达的细胞遭受葡萄糖饥饿时触发细胞发生死亡的一种新型细胞死亡机制。
双硫死亡的首次报道时间,比瘤内菌群还要晚一些——2023年3月,刊登在Nature Cell Biology(IF 17.3,2023)上的文章Actin cytoskeleton vulnerability to disulfide stress mediates disulfidptosis首次报道双硫死亡。2023年,在PubMed上可检索到103篇发文;今年走到一半,已经又发了136篇,预计要火了!
可以看看一篇一个多月前见刊的文章,拿到了国自然和中国博士后的科学基金“双杀”!构建预后模型、诊断模型,以及疾病分型分析也是针对双硫死亡常见的研究套路。想要有更清晰的认识,请添加雪球老师私聊,体系化了解吧~
Identifying and assessing a prognostic model based on disulfidptosis-related genes: implications for immune microenvironment and tumor biology in lung adenocarcinoma
识别和评估基于二硫化物相关基因的预后模型:对肺腺癌免疫微环境和肿瘤生物学的影响
期刊:Frontiers in Immunology
IF:5.7(2023)
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06.m7G修饰
m7G已经成为RNA修饰的新研究热点。越来越多证据表明,m7G修饰参与癌症发生发展机制,并与耐药性相关。在01.部分展示的国自然热点中标数中,我们可以看到m6A、m5C、m5G的中标数就位居前列。这些中标的相关研究也可以是我们设计课题时参考的来源。
来看一篇获得国自然基金的研究,30天前见刊,想要对tRNA m7G修饰机制进行研究的朋友们可以火热学习一下。
METTL1-mediated tRNA m7G methylation and translational dysfunction restricts breast cancer tumorigenesis by fueling cell cycle blockade
METTL1 介导的 tRNA m7G 甲基化和翻译功能障碍通过促进细胞周期阻滞来限制乳腺癌肿瘤发生
期刊:Journal of experimental & clinical cancer research:CR
IF:11.4(2023)
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07.血管生成拟态
血管生成拟态(vasculogenic mimicry,VM)的概念提出得较早,在1999年由美国Maniotis等根据对人眼葡萄膜黑色素瘤微循环的研究提出。它是一种不依赖机体内皮细胞的全新肿瘤微循环模式,其存在与肿瘤的生长、分化程度、侵袭性等密切相关。
这一篇获得国自然资助的文章揭示了BMP2在喉鳞状细胞癌中与VM的密切关系,干湿结合的验证方法很有参考价值。
RUNX1-BMP2 promotes vasculogenic mimicry in laryngeal squamous cell carcinoma via activation of the PI3K-AKT signaling pathway
RUNX1-BMP2通过激活PI3K-AKT信号通路促进喉鳞状细胞癌的血管生成模拟
期刊:Cell communication and signaling:CSS
IF:8.2(2023)
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恭喜你读到这里~希望你的耐心与求知精神能够帮助你顺利申请基金、毕业升职,如果在生信科研方面有任何迷惑和疑问,拥有1700+SCI发表陪跑经验的雪球老师也愿意为你解惑!
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